Aadanwde's Blog

Organisme sebagai benang pemersatu untuk pengetahuan tentang kehidupan di bumi

Posted on: Maret 9, 2011

Bag.3

Katalogisasi nama ilmiah menjadi sebuah sumber daya, satu satunya yang dapat diakses oleh publik. Adalah langkah penting awal untuk mengembangkannya lebih jauh lagi. Upaya tersebut bukan merupakan konsep baru. Dengan Unified Medical Languange Systems (UMLS) mulai pembangunandi pertengahan tahun 1980 sebagai sarana untuk menciptakan bahasa standar untuk biomedis yang dapat digunakan oleh komputer berbasis sistem informasi klinis. The UMLS mencakup istilah darilebih dari 100 terminologi biomedis dan ontologi yang diorganisir menjadi lebih dari satu jutakonsep. Yang UMLS memang mengandung beberapa terminologi nama ilmiah, terutama taksonomi NCBI, ada sejumlah resourcers lain yang menjaga daftar nama-nama ilmiah. ini termasuk species2000. (http://www.sp2000.org/)

dan Integrated Taxonomic Information System (ITIS; http://www.itis.gov/)

yang keduanya terkait dengan katalog proyek hidup. nama organisme harus dipertahankan oleh kelompok-kelompok peneliti terfokus pada taksonomi kelompok tertentu misalnya IndexFungorum (Fungi; http://www.bioone.org/)

http://www.bioone.org/AlgaeBase (Algae), CephBase (Cephalopods), Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (DSMZ) and FishBase (Fish)

Untuk mengatur daftar ini berbeda dari berbagai sumber,Universal Biological Indexer and Organinezer (uBio; http://www.ubio.org/)

http://www.ubio.org/

proyek telah bekerja menuju integrasi nama ilmiah dan vernakular. Database uBio dirancang untuk berfungsi banyak dalam cara yang sama seperti UMLS, sebagai agregator daftar konsep dan hierarki ke satu sumber daya. Saat ini, uBio berisi lebih dari 10 juta string nama organisme, yang telah dikumpulkan dari berbagai sumber daya nama ilmiah, termasuk semua yang telah disebutkan sebelumnya. Struktur umum nama dalam uBio adalah untuk mengatur vernakular, varian nama ilmiah dan dipublikasikan dalam kelompok rekonsiliasi. Struktur ini memungkinkan hubungan informasi di berbagai sumber daya untuk organisme yang sama, terlepas dari nama yang digunakan untuk penjelasan. Karena pendapat taksonomi juga bisa subjektif di alam, struktur juga dirancang untuk mengakomodasi sudut pandang bersaing.

Bag.4

Di luar nama-nama organisme yang terdapat dalam katalog dan database, sejumlah besar nama-nama organisme yang tertanam dalam teks bahasa alami, yang meliputi teks sejarah banyak yang semakin tersedia melalui berbagai upaya digitalisasi. Mungkin usaha, digitalisasi paling signifikan dan relevan sedang berlangsung oleh Biodiversity Heritage Library (BHL;http://www.biodiversitylibrary.org/)

(Notes :Biodiversity Heritage Library (BHL) adalah sebuah konsorsium dari 12 sejarah alam dan perpustakaan botani yang bekerja sama untuk mendigitalkan dan membuat dapat diakses literatur warisan keanekaragaman hayati yang diadakan dalam koleksi mereka dan untuk membuat literatur yang tersedia untuk akses terbuka dan penggunaan yang bertanggung jawab sebagai bagian dari “commons keanekaragaman hayati.” global BHL juga berfungsi sebagai komponen sastra mendasar Encyclopedia of Life (EOL). BHL konten dapat bebas dilihat melalui pembaca online atau download dalam sebagian atau sebagai sebuah karya lengkap dalam PDF, teks OCR, atau format file JPG2000. Untuk bantuan dengan men-download konten, silakan lihat halaman Tutorial.
Untuk melakukan pencarian sederhana BHL, masukkan sebuah frase eksak seperti “proses dari akademi” (tanpa tanda kutip). Memasukkan kata kunci seperti “akademi proses” tidak akan memberikan hasil.)

Akhirnya, BHL bertujuan untuk mendigitalkan semua sejarah alam untuk dicatat, dimulai dengan 10 anggota inti instituitions BHL. Awalnya, upaya digitalisasi BHL akan fokus kepada izin yang telah diperoleh, sudah ada diskusi tentang perluasan ruang lingkup literaturdigital diluar pra-1923. Meskipun demikian, literatur pra-1923 merupakan jutaan halaman sastra ilmu alam yang pada dasarnya telah terkunci sampai konsepsi BHL tersebut.

karena BHL merupakan badan signifikan sastra historis yang tidak mungkin telah dipelajari dalam beberapa dekade, ia pasti akan memberi referensi untuk organisme yang sudah lama diganti namanya, bermigrasi atau menjadi punah. Dengan demikian akan menjadi semakin penting untuk mengembangkan alat bantu otomatis yang dapat mendeteksi nama ilmiah yang terkandung dalam teks digital. Named Entity Recognition (NER) algoritma, yang telah terbukti effektif untuk mengidentifikasi gen dan nama protein dari literatur biomedis, diharapkan dapat pula diterapkan untuk tugas ini. NER algoritma yang spesifik untuk identifikasi nama organisme, yang disebut Taxonomic Name Recognition (TNR), telah dikembangkan untuk mengeksploitasi sifat linguistik dan kontekstual nama taksonomi, sebagaimana ditentukan oleh aturan Linnaean yang digunakan untuk nama organisme yang paling ilmiah sejak 1754 (misalnya bentuk Latin kata format dalam ‘genus spesies’).  Pendekatan TNR berdasarkan berpendapat bahwa nama taksonomi dapat diidentifikasi dari uji bahasa alam dengan menggunakan kombinasi aturan tatanama Taksonomi dan / atau leksikon istilah tatanama non-taksonomi. TNR metode harus cukup fleksibel untuk memproses dokumen ‘kotor’ mengingat OCR dan lingkup BHL, sulit untuk memprediksi keakuratan seberapa baik kualitas OCR pada akhirnya.

 

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s


  • BERPIKIR INDUKTIF | Mulyonoprabowo's Blog: [...] 2. Hipotesis dan Teori Generalisasi dan hipotese memiliki sifat yang tumpang tindih, namun membedakan kedua istilah tersebut sangat perlu. Hipot
  • aadanwde: Buat mba febrina, tentunya ada banyak cara untuk mendapatkan nilai IPK yang tinggi/bagus,selain sedikit tips yang saya berikan. nilai rendah pada smst
  • febrina: saya berkeinginan untuk meningkatkan IPK cos semester awal saya IPK rendah. menurut anda selain tips di atas apalagi yg bisa saya lakukan?? (berdoa &a

Kategori

%d blogger menyukai ini: